なぜ手数料が必要なのですか？また、面積によって手数料が変わるのはなぜですか？

許可の手続きに費用が発生するため、手数料が必要です。

　許可の手続きにかかる事務費用が発生しますので、これを受益者（許可を受ける人）の負担とする観点から手数料が必要です。
　また、大きさなどのルールの範囲内であっても、面積の大きな広告物などはまち並み景観に与える影響が大きくなり、その設置を抑制したい趣旨から、面積や数量によって手数料が変わってくる仕組みになっています。